Après information du patient, orale et écrite, on procède à la première phase, celle de la préparation colique. Elle associe un régime sans résidu de 1 à 2 jours et la prise d'un produit de lavage colique (phosphate de sodium ou polyéthylène glycol [PEG]). En l’absence de contre-indication, un marquage des résidus fécaux liquides et solides est recommandé afin d'améliorer les performances diagnostiques.