Une équipe internationale de chercheurs, en utilisant des techniques de pointe, a analysé le génome de nouveaux coronavirus (MERS-CoV) prélevés directement chez 21 patients ayant développé l’infection dans différentes régions d’Arabie Saoudite (« The Lancet », 19 septembre 2013).
L’opération nécessite une conversion des 30 000 nucléotides du génome en ADN par transcription inverse et une amplification par PCR.
Le séquençage du génome permet aux scientifiques de reconstituer son évolution : où quand, comment le virus a-t-il évolué ? Le virus a t-il évolué à partir d’un seul événement zoonotique (est-il passé juste une seule fois de l’animal à l’homme, avec des transmissions interhumaines par la suite, ou bien a t-il été transmis de manière répétée des animaux aux humains ?
Plusieurs occasions
Les observations des biologistes (Alimuddin Zumla, Ziad Memish, Matt Cotton) indiquent que la première hypothèse semble très peu probable. Au contraire, ces observations indiquent que les virus ont circulé principalement autour de Riyadh, mais avec des transmissions d’un réservoir animal à l’homme en différentes occasions (en plus de transmissions interhumaines).
Différents variants du virus MERS-CoV sont apparus à Riyadh, et cette grande diversité locale « semble indiquer que le virus a été transmis d’un réservoir animal qui a été importé en continu à partir d’autres régions ».
Les analyses montrent aussi qu’un temps considérable est passé entre l’existence de l’ancêtre viral commun et les virus contemporains observés. Un facteur temps qui plaide en faveur d’un animal hôte intermédiaire.
Les auteurs rappellent qu’un ancêtre du virus a été trouvé dans des chauves-souris et des signes indirects du passage viral (anticorps) chez des dromadaires. Mais aucun animal hôte-intermédiaire n’a jusqu’ici été formellement identifié.
Interrompre la chaîne
Les auteurs rappellent la nécessité de réaliser au plus vite des études sur les animaux de la région, pour établir la provenance du virus, et interrompre la chaîne de transmission des virus.
La transmission du nouveau coronavirus apparaît donc plus compliquée que ce qui était supposé jusqu’ici. La source du MERS-CoV n’est pas trouvée.
Un élément rassurant : 8 millions de pèlerins ont été à La Mecque depuis l’émergence des cas il y a 12 mois, mais aucune épidémie majeure n’a été rapportée en relation avec les événements des pèlerinages (Hajj, Ramadaan à Umrah).
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